本センターは、冲永 荘一総長(当時)の発案により、1983年に山口 英世教授を初代センター長に本学医学部内の研究機関、帝京大学医学部医真菌研究センターとして設立されました。1984年には日本微生物株保存連盟(現?日本微生物資源学会)にも加盟し、今日まで有用な真菌株資源の保存活動を進めています。 1992年には現在の形である帝京大学付置研究機関へ改組、帝京大学医真菌研究センターとなり、次いで1995年にはセンターの英語名称も改められ、Teikyo University Institute of Medical Mycology(TIMM)としています。 2021年からは冲永 寛子副学長がセンター長を務めており、2023年にはセンター設置から40周年を迎えます。